Институт магистерской подготовки начал работу в мае 1999 г.
К этому времени в МЭСИ уже несколько лет готовили магистров. Сотни специалистов получили второе высшее образование на Специальном факультете, шла подготовка руководителей высшего звена в рамках Президентской программы. Был накоплен опыт, позволяющий открыть подразделение, целенаправленно разрабатывающее и реализующее программы бизнес-образования для руководителей, экспертов-аналитиков, людей, способных стратегически подходить к решению экономических и управленческих проблем.
Так появился Институт магистерской подготовки МЭСИ (ИМП МЭСИ).

В 1999 году начались занятия на магистерских программах по направлению «Менеджмент» и программе «Мастер делового администрирования (МВА)». Количество слушателей Института за годы его существования увеличилось в несколько раз. Интерес к учебным программам сегодня проявляют не только в России. Поступают заявки из Белоруссии, Казахстана, Грузии, Латвии, Китая, Кореи, Болгарии и других стран.